Kisha e Shën Mërisë në Malçan është një tempull i periudhës pasbizantine me karakteristika të veçanta strukturale. Nga lart ngjan me kryq, ndërsa nga anët ngjan me mikrografi të Shën Sofisë të Stambollit. Altari ndriçohet nga tre dritare të vogla dhe është me afreske.
Kisha përbëhet nga naosi kryesor dhe narteksi. Naosi është I tipit në formë kryqi me kupolë, me përmasa të brendshme 6,60 x 5,90 m. Brenda ka katër kollona. Në anën lindore naosi lidhet me narteksin. Nga mënyra se si është strukturuar narteksi duket se është ndërtuar më vonë.Hapjet asimetrike të kryqit të mbuluara me qemere cilindrike, I japin një sens gjatësor tempullit ngaqë krahu perëndimor I kryqit është më I madh se ai lindor. Këtë sens e theksojnë dhe element të tjerë të cilët e bëjnë kishën të ngjajë me bazilikë me kupolë. Ambienti i altarit ndahet nga pjesa tjetër të naosit me një ikonostas druri të mbështetur në çiftin lindor të kollonave.Bema me apsidën është më e dale jashtë dhe vetëm me një nike për protezisin.Në anën perëndimore naosi lidhet me narteksin, I cili është I thjeshtë, I mbuluar me çati druri, pa tavan. Teknika e ndryshme e ndërtimit dhe fugatura ndarëse në muraturë, dëshmojnë se narteksi është ndërtuar më vonë.
Struktura e brendshme pasqyrohet edhe në pamjet e jashtme. Çatitë e krahut verior dhe jugor të kryqit dalin mbi çatinë që mbulon naosin. Në qendër ndodhet tamburi që mban kupolën, I cili mbështetet në një bazament të ngritur. Është krijuar kështu një kompozim volumor dinamik dhe I shkallëzuar, I cili bën që të mos ndihet shtrirja tepër e gjerë e çatisë, që përmbledh në një të vetme volume e naosit dhe të narteksit. Kisha është e ndërtuar me gurë dhe është veshur me një shtresë të hollë suvaje, duke lënë të zbuluara qoshet e ndërtesës, të punuara me gurë të mëdhenj e të latuar. Në krye muri përfundon me një kornizë tullash në formë dhëmbësh sharre. Ndryshe nga muratura e zhveshur, tamburi është tepër I dekoruar. Duke patur dymbëdhjetë dritare me harqe tullash, mbi të cilat ka një tjetër nivel dekoracioni me copa tjegullash.
Kisha nuk e ruan datimin, por duke gjykuar nga karakteristikat morfologjikë, arkitektonikë, por dhe nga elementët dekorative, tregon të jetë e periudhës pasbizantine dhe mendojmë të jetë ndërtuar nga fundi I shek. XVI-të, fillimi i shek. XVII-të.
(Pirro Thomo, «Kishat Pasbizantine në Shqiperinë e Jugut», Botim i Kishës Orthodokse Autoqefale të Shqipërisë, Tiranë