Εκκλησία της Παναγίας στη Μάλτσανη είναι ναός μεταβυζαντινής εποχής με ιδιαίτερα δομικά χαρακτηριστικά. Από πάνω μοιάζει με σταυρό, ενώ από τα πλάγια μοιάζει με μικρογραφία της Αγίας Σοφίας της Κωνσταντινούπολης. Το ιερό φωτίζεται από τρία παραθυράκια και είναι εικονογραφημένος.
Η εκκλησία αποτελείται από το κύριο ναό και τον νάρθηκα. Ο ναός είναι σταυροειδής με τρούλο εσωτερικών διαστάσεων 6.60 με 6.90 μ. Έχει τέσσερις κίονες εσωτερικά. Στην ανατολική πλευρά ο ναός συνδέεται με τον νάρθηκα. Με τον τρόπο που έχει δομηθεί ο νάρθηκας φαίνεται να έχει χτιστεί μεταγενέστερα. Τα ασύμμετρα ανοίγματα του σταυρού, καλυμμένα με κυλινδρικούς θόλους, δίνουν μια αίσθηση μήκους στο ναό, αφού το δυτικό άνοιγμα είναι μεγαλύτερο του ανατολικού. Την αίσθηση αυτήν τονίζουν κι άλλα στοιχεία τα οποία κάνουν την εκκλησία να μοιάζει με βασιλική με τρούλο. Η περιοχή του ιερού χωρίζεται από τον υπόλοιπο ναό με ένα ξύλινο εικονοστάσι το οποίο στηρίζεται στις δύο ανατολικές κολώνες. Η κόγχη του ιερού είναι πιο έξω αποτελούμενη από μια εσοχή για την πρόθεση. Στα δυτικά ο ναός ενώνεται με τον απλό νάρθηκα ο οποίος είναι καλυμμένος με ξύλινη σκεπή χωρίς οροφή. Η διαφορετική τεχνική και δομή δείχνει ότι ο νάρθηκας ανεγέρθηκε αργότερα.
Η εσωτερική δομή καθρεφτίζεται και στην εξωτερική όψη. Οι σκεπές του βόρειου και νότιου ανοίγματος του σταυρού υπερέχουν της σκεπής που καλύπτει το ναό. Στο κέντρο βρίσκεται ο πεζός που συγκρατεί τον τρούλο, ο οποίος στηρίζεται σε μια εξυψωμένη βάση. Έχει δημιουργηθεί έτσι μια δυναμική και κλιμακωτή αρχιτεκτονική η οποία κρύβει το μεγάλο άνοιγμα της σκεπής που καλύπτει το ναό και το νάρθηκα. Η εκκλησία είναι κτισμένη από πέτρα και είναι υπενδεδυμένη με επίχρισμα (σοβά) ενώ οι γωνίες είναι με λαξευμένες μεγάλες πέτρες. Ο τοίχος καταλήγει ψηλά σε μια οδοντωτή ταινία φτιαγμένη από τούβλα. Διαφορετικά από τον υπόλοιπο τοίχο, ο πεζός είναι αρκετά διακοσμημένος, έχοντας δώδεκα (12) παράθυρα με θόλους από τούβλο, πάνω από τα οποία υπάρχει κι άλλο επίπεδο διακόσμησης με κομμάτια κεραμιδιών.
Δεν σώζεται η ημερομηνία ανέγερσης, αλλά εκτιμώντας τα μορφολογικά, αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά αλλά και τα διακοσμητικά στοιχεία δείχνει να είναι μεταβυζαντινής περιόδου, έτσι πιστεύουμε ότι ανεγέρθηκε περίπου στα τέλη του XVI αιώνα, αρχές XVII αιώνα.
(Pirro Thomo, «Kishat Pasbizantine në Shqiperinë e Jugut», Botim i Kishës Orthodokse Autoqefale të Shqipërisë, Tiranë 1998).